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本发明公开了纳豆芽孢杆菌的培养方法及其应用。该纳豆芽孢杆菌的培养方法，包括在含豆粕的培养基中培养纳豆芽孢杆菌，其中，所述纳豆芽孢杆菌的菌株编号为NF01-6，其在中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心的保藏编号为CGMCC No.10535；所述含豆粕的培养基包括有机碳源和有机氮源，所述有机碳源和有机氮源由麦麸和豆粕组成。实验证明含大豆粕培养基接种纳豆芽孢杆菌(Bacillus natto)NF01-6 CGMCC No.10535进行固体发酵后粗蛋白和赖氨酸增加效果明显，有效的提高了植物蛋白中赖氨酸含量，提高了植物性蛋白饲料可利用性，具有较高的实用性和可推广性。
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