本发明公开了一种用柑橘皮制备抗真菌果胶低聚糖的方法，包括原料预处理果胶的提取和酶法水解果胶，酶法水解果胶的最佳条件为：用pH4.5的醋酸-醋酸钠缓冲液配制质量浓度为1.0-1.1％的果胶溶液，加入果胶酶P21，果胶酶的加入量为1.0-1.1U/mL，40-50℃水浴搅拌反应20-50min，然后再在沸水浴中灭酶活5-15min。本发明的制备方法制得的果胶低聚糖主要为二糖和三糖，得率大于52％。具有明显的抗真菌效果。对常见的四种病原真菌具有良好的抑制作用。将本发明的果胶低聚糖配成低聚糖复合膜液，用于柑橘保鲜中，有助于延长柑橘果实贮藏时间，为进一步利用果胶低聚糖奠定基础。提高柑橘的附加值，还能减少环境的污染，做到取之于柑橘用之于柑橘。