本发明涉及一种亚麻籽加工方法。其特征在于它包括如下步骤：1)清理除杂；2)脱胶：亚麻籽经过干法脱胶或者水浸洗湿法脱胶；3)微波加热：使脱胶亚麻籽终温度达到120℃～185℃，听到炸籽声音和/或烤香气味就立即冷却降温；4)调质榨油：调节微波加热后的亚麻籽水分至7wt%～15wt%，进入榨机压榨，获得亚麻籽油和亚麻籽饼； 5)压榨亚麻粕皮仁分离：榨油获得的亚麻籽饼用粉碎机粉碎，再过40～60目筛网分离较粗的皮，分别获得亚麻籽蛋白粉和亚麻籽皮粉。该方法既可以促进亚麻籽资源高效利用，获得多种亚麻籽加工产品，有效提高亚麻籽综合加工效益；还可以推进亚麻籽功能食品推广和普及，提高国民综合健康水平。